普通小麥主要農藝性狀的全基因組關聯分析
摘要：為解析小麥復雜農藝性狀的遺傳機制,本研究以150份小麥品種(系)為自然群體,在4個環境條件下測定了9個主要農藝性狀,利用小麥35K SNP芯片,結合5種關聯模型(Q、PCA、K、PCA+K、Q+K),進行全基因組關聯分析。結果表明,全基因組多態性信息量PIC的范圍為0.0950~0.5000,最小等位基因頻率MAF值為0.0500~0.5000;群體結構分析和PCA分析均表明參試材料可分為兩個亞群;連鎖不平衡分析發現A基因組、B基因組、D基因組和全基因組的LD衰減距離分別為4.7、8、11和6 Mb。9個性狀共檢測到652個顯著的關聯位點(P≤0.001),其中21個SNP在2個或2個以上的環境中被重復檢測到,分布在1A(1)、1B(4)、2A(3)、2D(2)、3A(1)、5A(1)、5B(5)、6A(1)、6B(2)和7D(3)染色體上;1個SNP標記的物理位置未知,3個SNP標記同時與2個性狀顯著關聯;單個SNP 的表型貢獻率為7.67%~18.79%。8個優勢等位變異在供試群體中所占比例較低,篩選出14個可能與小麥農藝性狀相關的候選基因,其中TraesCS5B02G237200、TraesCS7D02G129700和TraesCS1B02G426300可能在植物抵御生物與非生物脅迫中起作用,TraesCS5B02G010800和TraesCS7D02G436800可能與植物激素的合成和響應有關,TraesCS2A02G092200可能與植物細胞壁的增強有關,TraesCS5A02G438800可能參與葉綠體發育,另外7個候選基因的功能未知。
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作物學報雜志
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