摘要：蒙古野驢是生活在亞洲中部荒漠、半荒漠和荒漠草原重要的珍稀有蹄類動物。采用PCR和測序技術，我們成功測定新疆卡拉麥里山有蹄類自然保護區(qū)日常監(jiān)測時獲得的26匹蒙古野驢（Equus hemionus）樣本的mtDNA D-loop區(qū)核酸序列，對蒙古野驢的遺傳多樣性及其系統(tǒng)發(fā)育地位進行了初步研究。研究結果發(fā)現(xiàn)該區(qū)域蒙古野驢核苷酸多樣性較高（π=0.20392±0.05230），單倍型多樣性與其他馬科動物大致相同（Hd=0.982±0.020）。表明新疆卡拉麥里有蹄類自然保護區(qū)蒙古野驢的遺傳多樣性十分豐富。Tajima s D值為負，中性檢驗不顯著（P>0.10），表明新疆卡拉麥里山有蹄類自然保護區(qū)的蒙古野驢在整體水平上并未出現(xiàn)過瓶頸效應或者快速擴張等歷史事件。采用鄰接法（NJ）和最大似然法（ML）構建單倍型之間的進化樹，結合Network構建的單倍型間網(wǎng)絡圖顯示2個重要分支。我們通過歷史分布及地理位置推測卡拉麥里山有蹄類自然保護區(qū)的蒙古野驢可能存在外來種群的遷入。將本研究得到的蒙古野驢序列與GenBank檢索獲得的另外7種馬科動物的mtDNA D-loop區(qū)基因進行比較，發(fā)現(xiàn)馬科動物分化過程中平原斑馬出現(xiàn)最早，山斑馬首先分離出來，然后是蒙古野驢、藏野驢、努比亞野驢、細紋斑馬，最后是普氏野馬與非洲野馬，其中與蒙古野驢最接近的物種是藏野驢。