腎透明細胞癌中長鏈非編碼RNA SNHG12的生物信息學分析
摘要：目的:探討長鏈非編碼RNA(lncRNA)SNHG12在腎透明細胞癌(ccRCC)中的意義,并對SNHG12進行靶基因預測,為SNHG12在ccRCC中的進一步研究提供借鑒。方法:利用UALCAN數據庫分析ccRCC中SNHG12的差異表達,并對SNHG12進行生存分析;利用RegRNA2.0、HMDD、targetscan、starBasev3.0、microT-CDS平臺預測SNHG12的靶基因,構建SNHG12-microRNAs-mRNAs調控網絡;運用FunRich平臺對預測的靶基因進行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信號轉導通路富集分析。結果:SNHG12在ccRCC中的表達明顯增高,SNHG12高表達患者的總生存期較低表達患者明顯縮短。SNHG12上存在3個與ccRCC相關的microRNAs(hsa-miR-138-5p、hsa-miR-454-3p、hsamiR-497-5p)的可能結合位點,從而調節下游的288個靶基因,構成SNHG12-microRNAs-mRNAs調控網絡。在生物學過程中,microRNA靶基因高度富集到堿基、核苷、核苷酸和核酸代謝調節等過程。KEGG通路分析中,microRNA靶基因高度富集到內皮素、IFN-γ等介導的信號通路。結論:SNHG12在ccRCC中表達增高,有望成為ccRCC新的潛在生物學標志物。利用生物信息學方法進行靶基因預測,可為后續SNHG12在ccRCC中的機制研究提供方向。
注：因版權方要求，不能公開全文，如需全文，請咨詢雜志社。
生物技術通訊雜志
生物技術通訊雜志， 雙月刊，本刊重視學術導向，堅持科學性、學術性、先進性、創新性，刊載內容涉及的欄目：研究報告、綜述、科研管理等。于1989年經新聞總署批準的正規刊物。
- 省級期刊
- 1-3個月審核
