摘要：【目的】基于玉米細胞質雄性不育材料粗制線粒體DNA高通量測序數(shù)據(jù),對葉綠體基因組進行組裝。【方法】應用Illumina Hiseq 2500平臺進行線粒體DNA測序。利用軟件Velvet對過濾后的clean reads進行拼接和葉綠體基因組的組裝。采用在線注釋軟件DOGMA(dogma.ccbb.utexas.edu/)對葉綠體基因組完整序列進行基因預測和基因功能分析。【結果】成功組裝出C48-2和C黃早四2個不育系及48-2和黃早四2個保持系的葉綠體基因組,大小分別為140 473 bp(C48-2)、140 478 bp(C黃早四)、140 458 bp(48-2)、140 448 bp(黃早四),均包含84種編碼基因,30種tRNA基因,4種r RNA基因。新組裝的4個葉綠體基因組,在基因組大小及所包含的基因種類及數(shù)量方面都與葉綠體參考基因組具有較高的相似性,說明粗制線粒體的高通量測序數(shù)據(jù)可以用來組裝葉綠體基因組。葉綠體基因組高度保守,但也存在SNP及InDel,基于不育系與保持系葉綠體DNA(cpDNA)的SNP位點設計特異引物,可用來鑒定區(qū)分CMS-C不育胞質與正常胞質。【結論】利用粗制線粒體DNA的高通量測序數(shù)據(jù)可以完成葉綠體基因組的組裝,玉米CMS-C不育系與保持系的葉綠體基因組具有高度的一致性,但也存在一些多態(tài)性位點,基于多態(tài)性位點成功開發(fā)出可區(qū)分CMS-C不育胞質與正常胞質的特異標記。