應用轉錄組和外顯子組測序分析不同年齡組的膠質母細胞瘤中基因表達與突變的差異
作者：王志剛; 劉偉 中國醫學科學院基礎醫學研究所醫學生物工程學系; 中國醫學科學院基礎醫學研究所人體解剖學與組織學胚胎學系; 北京100005
摘要：目的探討通過轉錄組和外顯子組測序分析不同年齡組的膠質母細胞瘤的差異。方法多形性膠質母細胞瘤(GBM)數據下載自TCGA項目。將樣本分為2組,不高于60歲的樣本為中低年齡組,共78例;高于60歲的樣本為高年齡組,共76例。使用R語言DESeq2軟件包對RNA-seq原始基因水平的reads數目數據進行差異表達分析。使用Cytoscape插件Clue GO進行不同年齡組別差異表達基因功能富集分析。結果 GBM致病基因在兩組之間大部分基因表達趨勢一致,但存在差異基因。在中低齡組中差異基因主要和神經前體細胞增殖相關,而高年齡組偏重于代謝方面。在兩組中高突變的基因有很多重疊。樣本突變率不同的基因主要為中低年齡組特有,且具有高樣本突變率的基因。結論中低年齡組和高齡組GBM患者在基因表達和基因突變上存在明顯差異。
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