摘要：目的分析云南省2例人感染H5N6禽流感病毒的基因特征,為將來的H5N6流感病毒的預防和控制提供科學依據。方法采集云南省2例肺炎患者的咽拭子以及居住地禽類相關外環境標本,進行禽流感病毒H5N6的基因檢測,并將陽性標本進行高通量測序以獲得全基因組序列。利用MEGA軟件進行序列比對,分析H5N6禽流感病毒HA基因的功能性位點變異情況,并構建HA基因系統發育樹進行分析。結果全基因組序列分析結果顯示,云南省2例人感染H5N6禽病毒的8個基因片段序列同源性為98.5%~100.0%之間,與四川省、廣東省的人感染H5N6禽流感病毒基因比對分析發現,除NP基因外,其他7個片段均有功能性位點的差異,導致其受體特異性改變、病毒毒力增強及耐藥性改變。HA基因進化樹分析顯示,云南株、四川株及廣州株同屬于H5亞型2.3.4分支中的2.3.4.4亞支,云南省內外環境分離的6株禽類H5N6病毒與云南省2例人H5N6病毒及廣州株有一定的親緣關系,歸于同一大簇。四川株與云南株及廣州株有一定的遺傳距離。結論云南省H5N6禽流感病毒在遺傳中存在著多樣性和復雜性,病毒基因功能性位點的變異可以是引起禽流感病毒跨種傳播的機制之一。因此,應動態監測活禽市場中的禽流感病毒的分布情況及基因變異特征,為研究禽流感病毒跨種傳播提供研究資料,同時為云南省禽流感病毒的防控提供科學依據。